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Existe apenas uma cepa de SARS-CoV-2
No momento em que uma pré-impressão surge, descrevendo um novo paciente isolado de SARS-CoV-2, com uma mudança na sequência do genoma, o mundo parece explodir de preocupação com uma nova ‘cepa’ viral. Quero explicar por que essa angústia é equivocada e, no processo, explicar exatamente o que é uma cepa de vírus e um isolado de vírus.
Na ciência, o uso de palavras é importante. E, infelizmente, até os virologistas geralmente não usam seus termos adequadamente. Já escrevi sobre isso antes.
Quando o SARS-CoV-2 é isolado de um paciente com COVID-19, esse vírus é chamado de isolado. A origem do termo é clara: o vírus foi isolado de um paciente.
Esses isolados de vírus são todos da mesma cepa de SARS-CoV-2. Não são cepas diferentes, mesmo que tenham alterações em suas sequências genômicas. Uma cepa de vírus é um isolado com uma propriedade biológica diferente, como a ligação a um receptor diferente ou uma estabilidade distintamente diferente a temperaturas mais altas, para dar apenas dois de muitos exemplos possíveis.
Existe apenas uma cepa de SARS-CoV-2. O primeiro isolado de vírus, retirado de um paciente de Wuhan em dezembro de 2019, é a mesma cepa que o mais recente isolado em qualquer outro lugar do mundo em maio de 2020. Até agora, ninguém mostrou que nenhum desses isolados de vírus difere em nenhuma propriedade fundamental .
Eu posso ouvir alguns de vocês gritando, mas uma mudança de nucleotídeo não é suficiente para causar uma tensão? A resposta é um sonoro não. Todo vírus expulso por um indivíduo infectado difere do próximo por muitas alterações básicas. Seria tolice e de pouca utilidade chamar cada paciente para isolar uma cepa. Esse termo é reservado apenas para alterações especiais que conferem uma nova propriedade ao vírus.
Sem dúvida, você ouviu relatos de diferentes cepas de SARS-CoV-2, mas garanto que elas provavelmente estão erradas. Algum tempo atrás, foi alegado na China que havia cepas de L e S com patogenicidade distinta em humanos. Errado. Você também ouvirá que existem oito cepas circulantes do vírus. Errado. Estes são todos os isolados. Não foi demonstrado que nenhum possuísse uma propriedade biológica distinta, independentemente do que os preprints digam.
A maioria dessas reivindicações está em pré-impressões e, se o processo de revisão científica fizer seu trabalho, a maioria será simplesmente relatos de novas seqüências de genoma, sem alterações biológicas associadas.
O infrator mais recente é uma pré-impressão alegando que o SARS-CoV-2 com uma alteração de aminoácidos na glicoproteína de pico (D614G) aumenta a transmissibilidade do vírus. A alegação de que essa alteração de aminoácidos aumenta a transmissão viral é infundada e provavelmente incorreta. Não há dúvida de que os vírus com a alteração D614G estão surgindo em diferentes regiões geográficas do mundo. Até prova em contrário, é provável que seu surgimento seja devido ao efeito fundador. Digamos que um vírus com D614G emerge durante a replicação no trato respiratório de uma pessoa. Se os vírus com essa alteração infectarem a próxima pessoa, a próxima e assim por diante, a alteração do D614G predominará. A mudança é simplesmente um polimorfismo de nucleotídeo único de pouca importância. É o ruído produzido pela síntese de RNA propensa a erros pelo vírus. Os vírus com D614S são simplesmente isolados de vírus. Eles não são cepas de SARS-CoV-2.
Por causa do efeito fundador, é muito difícil mostrar que uma mutação específica aumenta a transmissão viral em humanos. Muitas dessas alegações foram feitas para outros vírus no passado, mas nenhuma foi comprovada. Um que vem à mente é um único aminoácido que surgiu na glicoproteína Ebolavírus no início do surto de 2015 na África Ocidental e foi posteriormente encontrado em todos os isolados. Nenhuma prova surgiu de que não era simplesmente um efeito fundador.
Eu também advertiria que alegar que o SARS-CoV-2 está se tornando mais transmissível ignora o fato de que o vírus já é extremamente transmissível entre humanos. Para que uma alteração de aminoácido como D614S seja selecionada positivamente, em vez de ser mantida como conseqüência do efeito fundador, requer pressão seletiva. Para um vírus já altamente transmissível, é difícil discernir a natureza dessa pressão de seleção.